Sizilien war ursprünglich von Wald bedeckt, der im Lauf der Jahrhunderte gerodet wurde, um Holz für den Schiffbau beziehungsweise neues Nutzland zu gewinnen. Dabei wurde die Macchia zurückgedrängt, die heute vor allem an der West- und Südküste zu finden ist. Größere, zusammenhängende Waldgebiete gibt es noch in den Monti Madonie und den Monti Nebrodi. Hier wachsen unter anderem Korkeichen, Buchen, Kiefern und eine für Sizilien typische Tannenart, die Nebrodi-Tanne. In den Monti Iblei gedeihen Johannisbrotbäume.

Trotz schonungsloser Rodungen ist Sizilien mit 3000 unterschiedlichen Pflanzenarten die vegetationsreichste Insel des Mittelmeers. Neben einer Vielzahl an Wildpflanzen z. B. Orchideen,[6] mit einer hohen Anzahl endemischer Sippen, gedeihen in einigen Regionen subtropische und tropische Pflanzen wie Bougainvillea, Jasmin, Mimosen, Gummibäume, Bananenstauden oder Papyruspflanzen.

Zu den wichtigsten Kulturpflanzen zählen seit griechischer Zeit Weinreben und Olivenbäume, seit römischer Zeit Hartweizen. Durch den Einfluss der Araber kamen Zitrusfrüchte und Mandelbäume nach Sizilien, mit den Spaniern Tomaten, Paprika und Auberginen. Besonders ertragreiche Anbaugebiete für Gemüse und Obst sind die fruchtbaren Hänge des Ätna und das ebene Tiefland südlich von Catania.